Para que el Usuario no pueda eliminar presupuesto hay que otorgarle en el perfil Nivel de Acceso '3', que permite solo alta y modificación. Los niveles superiores (1 y 2) ya incluyen la baja. 

Desde la Configuración de Usuarios se puede parametrizar:

Asignar Nivel de Acceso 3 en la categoría Presupuestos de Producción:

De esta forma el usuario tendrá deshabilitada la opción eliminar en los presupuestos.